商辂被召至京城，命他以原来的官职进入内阁，商辂上奏推辞，皇帝说：“先帝已知你是冤枉的，就不要推辞了。”商辂首先陈述勤奋学习、采纳谏议、储备将领、防守边疆、减省多余官员、设置义仓、尊崇先圣名号、广泛制定士法，共八件事。皇帝赞许并采纳了，他所说的采纳谏议，是请求召回复用元年以后因进言而被贬斥的人，于是罗伦、孔公恂等全部恢复了官职。</p>

彗星出现，给事中董旻、御史胡深等人弹劾不称职的大臣，都涉及商辂，御史林诚攻击商辂曾经参与更换太子，不适宜任用，皇帝不听，商辂因此请求辞职。皇帝愤怒，命令在朝廷查问那些进言的人，想给以严厉谴责，商辂说：“臣曾经请求优待宽容进言的人，现在议论到臣反而责备他们，对公众舆论又怎么解释呢。”皇帝非常高兴，董旻等各赐予手杖恢复官职。</p>

汪直监督西厂时，“数兴大狱”，商辂率领同僚分条列出汪直的十一条罪状，说：“陛下委托汪直听讼断狱，汪直又把韦英这类小人当做耳目。都自称奉密旨，可以专断刑杀，擅自作威作福，残害虐待好人。陛下如果认为揭发坏事禁止扰乱，按法律不得不如此，那么在前几年，为何安定无事。况且曹钦的变乱，是由逯杲打探事情激发而成，可以作为鉴戒。自从汪直掌权，士大夫不安心于他们的职守，商人不安心于经商，老百姓不安心于生产，如不赶快除去，天下安危就不可知了。”宪宗怒道：“任用一个太监，怎么竟危及到天下，是谁主使的这个奏折？”命太监怀恩传旨，责备十分严厉。</p>

商辂严肃地说：“朝廷大臣无大小之分，有罪都请下旨逮捕追问，汪直擅自抄没三品以上京官。大同、宣府是边城的要地，守备片刻不能缺，汪直一天拘捕数人。南京是祖宗的根本之地，留守大臣遭汪直擅自收捕，各位近臣侍奉在皇帝左右，汪直动辄更换，汪直不除去，天下怎能没有安危？”阁臣万安、刘珝、刘吉也在一起对答，依据大义，慷慨激昂，怀恩等屈服。商辂看着同僚道谢说：“诸公都为国家这样做，我又有什么担心的呢。”正值九卿项忠等人也弹劾汪直，于是当日就罢免汪直在西厂的职务。</p>

汪直虽然不管理西厂事务，还是像原来那样受到宠幸，他诬陷商辂曾收受指挥使杨晔的贿赂，想解脱自己的罪行，商辂自己并不甘心，而御史戴晋又颂扬汪直的功劳，请求恢复他在西厂的职务，商辂于是竭力请求致仕。宪宗同意，下诏加商辂为少保，赐命用驿车送他回去。商辂离开以后，史称“士大夫益俯首事汪，无敢与抗者矣”。</p>

家居十年后，商辂去世，享年七十三岁，宪宗深加悼惜，辍朝一日，追赠特进荣禄大夫、太傅，谥号“文毅”，又四次派官员谕祭，命有司为其营造坟墓。</p></div>