守丧结束后，杨继宗以右佥都御史巡抚顺天府，京畿之内有多处权贵的庄田，凡有权贵侵占百姓产业的，就立即夺还给百姓，他还巡查关塞，武备得到很大整饬。遇到星辰变异，杨继宗应诏上疏陈言，历数指斥太监和文武诸臣们贪赃残虐之状，并且请求召回出镇的太监，因此更加被权贵们所嫉恨。治中陈翼奸告他的过失，权贵们趁机中伤他，他因此被降职为云南副使。</p>

孝宗即位后，杨继宗改任湖广按察使，到任后他让人打来上百斛水，把厅衙冲洗一番，然后再处理事务，他说：“我用来清除污秽。”在任不久，又以佥都御史巡抚云南。云南都指挥使司、布政使司、按察使司有许多旧日同僚，相见十分高兴，见面后他离开座位向僚友揖礼说道：“明天要办公事，望诸君能给予谅解。”于是弹劾罢免不称职的八人。</p>

杨继宗极力维持风纪节操，但心肠慈厚，自己处事必定依礼而行，任知府时，谒见上司一定身着朝服，入京朝觐谒见吏部时也是如此。有人说不用这样，杨继宗笑道：“这是朝廷的法服，这时不穿，将什么时候穿用呢？”他任浙江按察使的时候，有管仓库官吏的十余人因缺少库粮被关在狱中，以至于卖掉子女赔偿，杨继宗想从宽处理他们，却没有理由。</p>

有一天，送来他的月俸银，他让人称量一下，就发现超出了原数，再量别的官吏俸银，也都如此，因此悟出了仓吏缺粮的原因，他准备具实上报，众人恐惶不安，请求杨继宗，甘愿捐出俸解代替仓吏们赔偿。十余名仓吏因此获释。杨继宗曾监考乡试，得到两份好考卷，便身着朝服一再拜天道：“这二生必当为天下人才之魁，我为朝廷得人才而祝贺。”等到拆开考卷，知道二生为王华、李文，后来果然相继考中状元，人们因此佩服杨继宗有眼光。</p></div>