同时，翁万达嫉奸锄暴，宣府总兵部永、副总兵姜爽与豪宗恶少盘居城中，多方盘剥致万军茹苦，翁万达上书弹劾，直至罢其官，撤其职。大同和川王府奉国将军充灼等通敌谋反，约为内应，翁万达发觉后，一面秘密地按名捕获反者，一面发兵埋伏于各关隘，迎击如约进犯的敌兵，终大获全胜。翁万达督边六载，主要对手是蒙古鞑靼部的俺答汗，其时，俺答虽“势方张，控弦数十万”，但总不敢大规模进犯，边关一度出现了升平景象。</p>

从52岁至55岁为丁忧、起复、罢官时期，曹家庄大捷后，朱厚熜授予翁万达兵部尚书之职。不久，又召其回京“入掌本兵”，主持兵部大事，父亲去世他遂于年底南归奔丧。俺答汗得知翁万达离开边关，即兴兵犯境，在他归乡后，大同失守。朱厚熜不顾“终制”，急诏翁万达返抵边关，掌其督抚重任，翁万达因丧期未满，又加之背疽发作，所以匆忙修书，派义子翁从云携带《乞恩陈情终制疏》上京，请求“待三年服阕而后起用”。翁从云至河间府地界遇盗，失落表疏；尚未抵京，而俺答已从古北口“溃墙南下，直薄都城”。朱厚熜又连下两道金牌，催促翁万达起程，翁万达命侄翁思远带《题知起程疏》先行赴京。由于翁万达家处“岭海极南之地，去京万里，虽间道兼程，犹必历四十一日”才抵京到鸿胪寺报到。</p>

当朱厚熜在急等翁万达抵京时，权贵严嵩上疏，谓翁万达“盘桓久顿，未知至日”，“谋武盈朝，何必翁某，”仇鸾则更是“衔宿怨，谗言构于帝”，结果翁万达被降职派往边关，经略紫荆诸关。越年，翁万达因背疽发作，故乘“京察”，呈上《再辞免重任恳乞陈情疏》，终引起朱厚熜的反感，遂免其职，接着又以翁万达的《谢疏》有讹字为由，将其“削籍为民”。于是，翁万达“冒暑买车，微服就道，人亦不知其曾为尚书”。</p>

55岁的翁万达约同友人抵闽游武夷山，途经三河，被当地山川形胜所吸引，顺便为自己选择了墓地。在福建清流县途中，背疽疾发，急忙回归，至上杭县，卒于舟中。此前，朱厚熜又感到防边重任非万达莫属，于是颁诏曾第三次起复其为兵部尚书，但为时已晚。翁万达卒后二日，遗体运抵家乡，又四日诏命才临门，《明史》说其“未闻命而先卒”，即指此，死后葬于大埔三河镇。</p></div>