万历帝即位，召杨巍回京，升授兵部右侍郎，后转吏部，不久升任左职。此时，朝内发生了江南少年王大辰闯入宫禁的事件，案件交杨巍审理，宰辅张居正授意以刺客罪中伤大学士高拱，杨巍不从，经审理以盗窃内府财物罪判处王大辰死刑，既保全了国家颜面，又避免了株连无辜，事后他第三次上疏，请返故里。</p>

杨巍回故里后，移居桃花岭，辟小园，植花木，每逢佳节良辰，就请母亲乘车观赏，子孙罗拜敬酒，使老母欢欣称意，母年逾百岁去世。</p>

杨巍第三次奉召入京，出任南京户部尚书，翌年晋京朝见皇帝，被授资政大夫衔，三个月之后改任北京工部尚书。任内成功地阻止了神宗皇帝修造离宫的计划，并参与万历帝的玄宫的选址，不久被调至户部，又转吏部，均任尚书，在职7年，两次考核，均以公正宽恕见称。</p>

当时，权归内阁，六部无权，杨巍又已年老，遇事多听从宰辅申时行指挥，声誉渐损。万历帝倦于听政，他率群臣多次劝谏无效，毅然连上奏章恳求退休，获准时年74岁。90岁时，万历皇帝特派员慰问，病逝于故里，享年92岁，追赠少保，著有《梦山存家诗稿》8卷，被录入《四库全书》。</p></div>