熊文灿到达位于安庆的行辕后，请求为随行的广东籍士兵配备马匹，但朝廷却将总兵左良玉麾下的六千骑兵调拨于他。在左良玉的阻挠下，熊文灿最终不得不将随行的广东护卫遣还。有证据表明，这些人被安置在他的家乡蕲水，在那里参与了抵抗起义军的战斗，两三年后才返回广东。不管怎样，崇祯帝接受了杨嗣昌的建议，熊文灿受命总领十位巡抚下辖的十二万兵力。来自北京的数千名锦衣卫官兵在宦官刘元斌的率领下也被派遣参与围剿起义军的行动，全盘的方案是试图将各地小股起义军全部逼入湖广北部和河南南部地区，以待刘元斌、左良玉和云南将领龙在田统帅的军队，伺机在该地歼灭他们，战役持续了一百天，朝廷为此加派了两百八十万两的剿饷。</p>

作为战役的战场指挥，熊文灿无疑有渠道和权力来执行既定战略，但他既缺乏必要的才智，同时对这一战略也没有足够的热情。从一开始，他就寄希望于以和平手段解决问题。据说，还在安庆的时候，他就广泛散发通告承诺对任何投诚的起义军予以赦免。一位起义军首领刘国能投降，相继又有一些起义军归降，平寇之期已过，熊文灿即将接受惩罚，恰在此时三支起义军中势力最强的张献忠，开始商谈投诚事宜，熊文灿看到他的政策初见成效，深感欣慰，而他在朝中的支持者杨嗣昌与崇祯帝也抱有同样的想法。</p>

如果熊文灿能够妥善处理降众，将其就地遣散，那么他的汁划或许就能够圆满实现。但是，与此相反，熊文灿却准许张献忠依旧统领其数以万计的旧部，并将其作为屯军安置于湖广西北汉江流域的谷城地区。随后，他又从中挑选了三千精兵，加以武装充任官军，但却在缺乏有效监督的条件下仍令其驻扎于谷城。熊文灿仍将自己的大营设于襄阳，龙在田率领滇兵在襄阳北面的双沟清剿起义军残部，取得大捷，此处位于湖广、河南交界，于是起义军逃往河南西南部的山区过冬。</p>

此后不久，另一位起义军领袖罗汝才也开始了商谈归降事宜，起义的平定似乎指日可待。然而，恰在此时，清兵入塞，包括左良玉麾下精兵在内的诸多军队从山西、河南等地被调往京师赴援。在北方军事压力陡增的情况下，一些处于困境中的小股起义军重新得到了喘息的机会，虽然后来左良玉取得了一些胜利，但仍然无法阻止张献忠东山再起的决心。</p>

张献忠突袭谷城，杀掉当地知县等地方官员，并在县中大肆劫掠，随后率众进入西部山区，占据有利地形。很快，罗汝才等部也加入张献忠的队伍，只有刘国能仍效忠于朝廷，左良玉在追击张献忠时，遭受重创。由于这次失败，熊文灿被免职，受命等待其继任者杨嗣昌的到来。熊文灿被逮捕，并押送至北京受审。此时，熊文灿的朋友姚明恭虽然身为内阁大学士，但却无法相救，熊文灿遂被斩首，张献忠初占领蕲水后，屠戮熊文灿的家属，熊文灿的长子熊曰绘幸免于难，并有一段时间在福建寄于郑芝龙篱下。</p></div>